经过十几年的发展，欧盟逐渐形成了由上层为具有法律强制力的欧盟指令，下层为可自愿选择的技术标准组成的两层结构的欧盟指令和技术标准。该体系的建立有效消除了欧盟内部市场的贸易障碍，但对欧盟以外的国家，常常构成贸易壁垒。
  欧盟对进口水产品的市场准入要求非常严格。在91/493/EC指令中，要求对欧盟输入水产品的企业必须获得欧盟的注册。对进口水产品的质量要求必须从原料生产开始，保证生产过程的各个环节均达到质量要求，从而保证终端产品的质量，即建立一个完整的质量保证体系，全面推行HAPPC制度。178/2002法令要求凡在欧盟市场销售的水产品必须贴有可追溯标签，否则不得进入。指令89/662/EC规定，货物必须在原产地接受系统管理，在目的地接受时检查，如果检查发现存在对人类和动物健康存在威胁的风险，可以销毁货物。

2005年1月11日，欧盟发布了2005/34/EC决议，对动物源性产品中的药物残留问题做了新规定，添加了一些要求极高的检测指标，如：氯霉素含量要求小于0.3mg/kg，硝基呋喃代谢物要求小于11mg/kg，并且对从第三国进口的动物源性产品中检出药物残留问题做了新的规定，尤其是针对禁用物质残留，只有当检出结果低于欧盟制定的最低执法限量时，该产品方可进入食物链，但仍将被记录在案。一旦在6个月内，同一来源、同一禁用物质有4次或以上的记录时，欧盟也将向输出国进行通报并采取相应的措施。
  2006年1月1日起，欧盟共实施三部有关食品卫生的新法规，包括：有关食品卫生的法规(EC)852/2004；规定动物源性食品特殊卫生规则的法规(EC)853/2004；规定人类消费用动物源性食品官方控制组织的特殊规则的法规(EC)854/2004。这些新出台的食品安全法规强化了食品安全的检查手段，提高了食品的市场准入标准，增加了对食品经营者的食品安全问责制，并且更加注意食品生产过程的安全，不仅要求最终产品要符合标准，而且在整个生产过程的每一个环节也要符合标准。

欧盟对贝类及多数水产品的进口原则要满足三个条件：一是必须来自欧盟同意进口活双壳贝类和(或)水产品的第三国；二是必须是在欧盟批准的工厂内加工；三是每批必须随附货物卫生证书。具备上述三个条件的水产品在进入欧盟前，还需经过边境检查站的检查，具体检查程序包括文件审核、货证相符核查和物理检查。